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「三加十一」爭議成為台北市長選戰焦點，監察院報告僅表示指揮中心未善盡詳細說明責任，應檢討改進。國民黨台北市長參選人蔣萬安昨質疑，監察院失去公信力是民主危機；民進黨台北市長參選人陳時中說，蔣大概選舉選瘋了，監察院是國家五院之一，他本來就坦蕩蕩，疫情期間每件事都很緊急，若機組員身心狀況影響飛航安全也非國人樂見。

蔣萬安指出，監察院等於犧牲自己的地位和公信力，讓整個監察制度崩盤，這是民主的危機。

台北市長柯文哲說，這種涉及醫學專業的會議，怎會讓不懂醫學的做決策？如果會議中沒有醫療顧問，就是政治決定凌駕專業，「到現在為止，我不知道陳時中負責了什麼東西？」

陳時中昨晚接受電視媒體專訪時反嗆，若認為監察院包庇衛福部，要就廢除監察院，而不是認為三加十一調查報告公信力不足，不要變成沒有基本底線的政治人物；疫情期間每件事都很緊急，他第一時間就說過決策沒會議紀錄，行政單位不是每件事都要做紀錄，「主持會議、對外公布的，我都會負責。」

指揮中心發言人莊人祥昨在疫情記者會表示，二○二○年底前，機組員檢疫規定即為「三加十一」，因應年底秋冬專案才改為「七加七」。秋冬專案告一段落後，實際調查發現，外站防疫措施明顯進步，在一次性房卡、監視錄影器等輔助下，違規情形大幅降低，因此改為「五加九」。四月十三日再次檢視管理成效，違規件數為零，採檢九千多人皆為陰性，才決定進一步放寬成「三加十一」，三天居家檢疫採檢、十一天自主健康管理。

針對監院報告，莊人祥表示，現行法令確實未明確規範指揮官作成決策前，須經何種會議的法定程序和製作、公開會議紀錄，預計將修正「傳染病防治法」明確規範；至於未來決策是否製作會議紀錄？莊說，當時因為指揮官臨時召集幹部討論機組人員檢疫措施，而沒有記錄人員，日後每次會議都會盡量記錄。